La gentiane acaule peut être confondue avec la gentiane à feuilles étroites et la gentiane alpine. Toute la différence réside dans l’observation des feuilles, celles de la gentiane à feuilles étroites sont longues et fines, celles de la gentiane alpine sont courtes, larges et épaisses. Contrairement à ce que peut laisser supposer son nom, cette gentiane possède une tige très courte.
